Учёные-биологи нашли новый метод выявления рака. С его помощью можно добиться точных результатов с минимальным количеством шума.
Во вторник, 26 апреля, из сообщения в журнале Nature Biotechnology стало известно, что молекулярные биологи из Нидерландского института исследования рака проверили эффективность нового способа выявления жизненно важных генов. Новый метод основан на системе CRISPR-Cas9. С его помощью можно добиться гораздо больших результатов.
Чтобы определить, какие гены важны для жизненных процессов, а какие потом превращаются в раковые клетки, учёные попытались регулировать их активность в самом начале их образования методом подавления. Для этого применяется метод РНК-интерференции. Его можно применить на стадии процессов транскрипции, созревания РНК или трансляции.
Метод РНК-интерференции осуществляют с помощью малых РНК, которые образуют шпильки (shРНК). Эти малые РНК вводят в клетки, которые после превращаются в малые интерферирующие РНК. Они связываются с информационной РНК и способствуют её разрезанию.
Но у данного метода есть недостатки. Малые РНК не всегда подавляют экспрессию того гена, что нужно. При этом ингибирование может происходить с разной эффективностью.
Цель учёных-исследователей заключалась в работоспособности нового метода РНК-интерференции, а именно в части применения системы CRISPR-Cas9. Она представляет собой своего рода молекулярно-генетический иммунитет бактерий.
CRISPR – это повторяющиеся последовательности ДНК. При этом она уже разделена на уникальные участки и спейсеры. Именно спейсеры транскрибируются с образованием CRISPR-РНК. Они нацелены, например, на последовательность чужеродной ДНК, что может указывать на вероятность развития раковых клеток или наличие вируса. crРНК связывается с мишенью, после чего последняя разрезается белком Cas9.
Существует разновидность метода РНК-интерференции. Так, белок Cas9 вместо разреза мишени-ДНК подавляет транскрипцию нужного гена.
При сравнении эффективности методов shРНК, CRISPR и CRISPRi биологи выяснили, что CRISPR является наилучшим подходом по выявлению важных генов. Для этого учёные исследовали 93 генома, отслеживая их в культуре клеток человеческой карциномы.